Der Landkreis Main-Spessart liegt in der westlichen Mitte des bayerischen Regierungsbezirks Unterfranken.
Das Kreisgebiet wird vom Main und dem Spessart geprägt. Der Main erreicht von Würzburg kommend im Südosten das Kreisgebiet, durchfließt es zunächst in nordwestlicher Richtung, vorbei an der Kreisstadt Karlstadt und an Gemünden. Dann nimmt er die von Osten kommende Fränkische Saale auf, bevor er sich in Richtung Süden wendet, unter anderem die Stadt Lohr am Main durchfließt und dann, wenn er sich Richtung Westen wendet für einige Kilometer die Landesgrenze zu Baden-Württemberg bildet. Westliche des Mains ziehen sich die Höhen des Spessart bis auf 585 m hinauf. Der höchste Berg im Landkreis Main-Spessart, die Klosterkuppel mit 552 m, befindet sich in der Gemarkung von Neustadt am Main. Im Nordosten streifen die Ausläufer der Rhön das Kreisgebiet. Weitere Flüsse im Kreisgebiet - neben dem Main und der Fränkischen Saale - sind die Wern, die kurz vor Gemünden in den Main mündet, sowie deren rechter Zufluss Sinn, ferner die bei Lohr mündende gleichnamige Lohr und die in der gleichnamigen Gemeinde mündende Hafenlohr.
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